教堂的另外一個(gè)重點(diǎn)是彩色玻璃，在教堂內(nèi)的彩色玻璃都非常特別，用玻璃制作圖像臺(tái)凸顯出圣經(jīng)里的人物或是故事，如為基督教徒會(huì)被這里的彩色玻璃所吸引，在教堂內(nèi)部總共有56個(gè)玻璃窗，31個(gè)圓形的玫瑰圖案以及25個(gè)彩色幅彩色玻璃窗的精美圖案，但是在這56個(gè)玻璃窗只有4個(gè)是最完整無瑕的，其它的玻璃窗都是在1949-1951由當(dāng)?shù)刂鹘痰木用襁M(jìn)行一些整修，而這些彩色玻璃窗都是由法國(guó)沙特爾省的LorinFirm所制造。
墻內(nèi)開花墻外香。除了供應(yīng)教堂的彩繪玻璃，土山灣孤兒院也接受社會(huì)機(jī)構(gòu)和個(gè)人的訂單。正因如此，目前上海保留下來的有跡可循的土山灣彩繪玻璃都位于公共或是私人建筑上。按照時(shí)間先后，分別位于：原法國(guó)總會(huì)（南昌路47號(hào)）和原私人住宅（余慶路190號(hào)和瑞金賓館總統(tǒng)樓）。
彩色玻璃被全球工匠使用了數(shù)千年，是最古老的藝術(shù)形式之一。它的起源可以追溯到7世紀(jì)，當(dāng)時(shí)彩色窗戶開始裝飾教堂、大教堂和修道院——通常代表宗教符號(hào)和圣經(jīng)故事。這些在8世紀(jì)期間擴(kuò)展到伊斯蘭清真寺和宮殿世紀(jì)，到了中世紀(jì)，在歐洲無數(shù)的教堂中都可以找到。復(fù)雜的玻璃制品在哥特時(shí)期的紀(jì)念性建筑中達(dá)到了最大的輝煌，形成了巨大而精致的窗戶，具有極其復(fù)雜的圖形、圖案和幾何形狀。然而，專門為著名的禮拜場(chǎng)所或古代建筑保留的日子已經(jīng)一去不復(fù)返了。與創(chuàng)新的生產(chǎn)方法和新技術(shù)相結(jié)合，彩色玻璃在當(dāng)代建筑中卷土重來，以其大膽、活潑的色調(diào)為無數(shù)建筑增光添彩。
彩色玻璃窗的使用在12世紀(jì)中葉得到了普及，圣丹尼斯的修道院院長(zhǎng)蘇格被稱為“彩色玻璃之父”，因?yàn)槭撬状胃拍罨厥褂貌噬ＡТ皝韯?chuàng)造一種“天堂之光”，被視為上帝在教堂中的存在
哥特式的教堂彩繪玻璃，是伴隨著哥特式建筑的興起和基督思想的興盛產(chǎn)生的。而丹納在藝術(shù)哲學(xué)里充滿激情的會(huì)寫道，彩色玻璃中投入的光線變成血紅的顏色，變成紫英石與黃玉的色彩，成為一團(tuán)珠光寶氣的神秘火焰，就像通往天國(guó)的窗戶。這就完美的覆蓋且簡(jiǎn)單的說明了彩繪玻璃的美了。